《北京大学学报》共有三个分版，即《自然科学版》、《人文科学》（后改为哲学社会科学版）和《医学版》，历史悠久，其中，自然科学版创建于1955年12月，哲学社会科学版创刊于1955年，医学版创刊于是1959年，在国内外均有重大影响力。

北京大学学报：哲学社会科学版
主管单位：教育部
主办单位：北京大学
主　　编：程郁缀
刊　　期：双月刊

北京大学学报(医学版)杂志编辑部
主办：北京大学
出版周期：双月刊出版地：北京市
语种：中文　　
ISSN：1671-167X

北京大学学报：自然科学版
主管单位：教育部
主办单位：北京大学
主　　编：赵光达

《北京大学学报（自然科学版）》（双月刊）创建于1955年12月，是北京大学主办的自然科学（包括技术科学）综合类学术性刊物。主要刊登北京大学教师、研究生及海内外校友在基础科学、技术科学和边缘科学等领域的研究成果及综述性文章。由北京大学18个理科院、系、所的30名教授组成学报编委会，负责确立学报的办刊宗旨及审定论文的学术质量。学报被国际权威检索文献数据库CA，SA，MR，GR以及EI等收录，是国内自然科学综合类学科的核心期刊，在国内的被引用率、因子影响等在综合类学术期刊中都名列前茅）。